在正常操作過程中，反滲透元件內的膜片會受到無機鹽垢、微生物、膠體顆粒和不溶性的有機物質的污染。操作過程中這些污染物沉積在膜表面，導致標準化的產水流量和系統脫鹽率分別下降或同時惡化。當下列情況出現時，需要清洗膜元件：

1. 標準化產水量降低10%以上
2. 進水和濃水之間的標準化壓差上升了15%
3. 標準化透鹽率增加5%以上

以上的標準(基準)比較條件取自系統經過 初48小時運行時的操作性能。

日常操作時必須測量和記錄每一段壓力容器間的壓差(ΔP)，隨著元件內進水通道被堵塞，ΔP將增加。需要注意的是，如果進水溫度降低，元件產水量也會下降，這是正常現象并非膜的污染所致。預處理、壓力控制失常或回收率的增加將會導致產水量的下降或透鹽量的增加。