機械過濾器根據所填裝的填料的不同有的稱石英砂過濾器，有的稱多介質過濾器。機械過濾器的運行操作包括反洗、正洗和運行三個步驟。

1. 反洗  反洗時，先關閉出、入口閥門，保持濾層上部水位200-300mm。開啟反洗排水閥門，開啟壓縮空氣，向過濾器內送入強度為18-25L/（s.m2）的壓縮空氣，吹洗3-5分鐘。壓縮空氣不停，開啟反洗入口閥門，以反洗排水中無正常顆粒的濾料為限，控制反洗水流量。在反洗過程中，應經常檢查反洗排水中有無正常顆粒的濾砂，以防濾料跑失。待反洗排水后，停止壓縮空氣的吹洗，繼續用水反洗3-5分鐘。
2. 正洗  正洗時開啟正洗排水閥門出、入口水閥門，維持正流水流速10-15m/h。沖洗至出水清凈后，即可投入運行。正洗時，出水應無濾料，否則可能是因為反洗操作不當而造成過濾器下部配水裝置損壞。此時應停止正洗、查明原因并處理好后，再恢復正洗。
3. 運行  運行流速為10-12m/h。運行周期的控制以其水頭損失達到容許極限（規定一般應小于0.05MPa）或按一定運行時間來進行反洗。